Aquí se conocieron Gonzalo de Yepes y Catalina Álvarez. Él, de familia noble toledana, comerciante de sedas, solía pasar por Fontiveros en su camino de ida y vuelta a Medina del Campo. Catalina, huérfana de padre y madre, vivía con una viuda, dueña de un telar.

Se enamora Gonzalo de Catalina y acaban por unirse en un «matrimonio desparejo» del que nacen 3 hijos: Francisco, Luis y Juan.

Gonzalo, al ser despreciado por sus parientes y no conseguir trabajo, se ve obligado a aprender el oficio de tejedor.

Es en este lugar, donde hoy se encuentra esta iglesia y un Carmelo de Descalzas, donde vivía y trabajaba la familia de los Yepes.

A pocos metros se encuentra la parroquia de Fontiveros, dedicada a San Cipriano, en cuya nave principal se puede ver la tumba de Gonzalo de Yepes (quien murió después de una enfermedad de dos años) y de su segundo hijo, Luis (del que no sabemos las fechas de nacimiento y muerte). En el fondo de la iglesia se encuentra la pila bautismal, con la placa que reza: «En esta pila se bautizó el místico doctor San Juan de la Cruz, primer Carmelita Descalzo, lustre y honra de esta nobilísima villa de Fontiveros por haber sido natural de ella. Nació el año de 1542, el 24 de Junio…».

En una capilla lateral de la izquierda se puede contemplar un Cristo puesto en cruz, que tiene que haber sido la primera representación de nuestro Salvador contemplada por el santo.

En otra capilla lateral, a la derecha, se encuentra una escultura de san Juan Bautista, muy festejado en la villa y por lo que se sospecha le hayan dado al santo por nombre Juan.​

Por último, hacia las afueras del pueblo, se puede visitar esta laguna, que recuerda la primera aparición de la Virgen en la vida de Juan. Siendo niño, jugando, cae en una laguna muy cenagosa, y no pudiendo salir, y estando muy a peligro de ahogarse (cuenta un testigo), dijo se le apareció una señora muy hermosa y resplandeciente en el aire, que entendió ser la Reina de los Ángeles, María nuestra Señora, y le pidió y dijo con mucho amor: «Niño, dame la mano y te sacaré». Y decía que viendo a una Señora tan hermosa y resplandeciente y unas manos tan bellas y tan lindas y teniendo las suyas enlodadas y llenas de cieno, no se atrevía a darle la mano por no ensuciarla. Finalmente fue rescatado por un hombre que pasaba por allí.