De Ávila lo llevaron a Toledo, «donde le pusieron en una estrecha cárcel y tan oscura que no tenía más luz que la que entraba por saetera rasgada que venía a estar en un rincón de la carcelilla».

Por casi 9 meses sufre la prisión conventual, con unas tablas por cama, por libros el breviario. Lo maltratan de tal modo que no le dan ropa para cambiarse y por eso cuenta que «le daban mucho tormento los piojos». Por comida, si la tenía, era pan y alguna vez unas sardinas. Su segundo carcelero testifica que «él lo llevaba todo con gran paciencia y silencio, porque jamás le vi ni oí quejarse de nadie ni culpar a los que así le ejercitaban ni mostrar flaqueza en acuitarse, lastimarse ni llorar su suerte, antes con gran serenidad y modestia y compostura llevaba su cárcel y soledad».

Juan de Santa María, su segundo carcelero, es el que le facilita papel y tinta para poner por escrito las canciones que guardaba en la memoria.

De este tiempo son, de hecho, los romances sobre el evangelio In princio erat verbum, los romances sobre el salmo Super flumina babilonis, las coplas Qué bien sé yo la fonte, Noche oscura y casi todo el Cántico espiritual.

Siendo vísperas de la Asunción, fray Juan le pide al prior poder celebrar la Misa, a lo que éste responde cortante: «no en mis días».

En una noche de agosto, harapiento y famélico, decide escapar de aquella cárcel. Hace una soga con sus viejas mantas y se descuelga hasta caer sobre la muralla. Llega al convento de las descalzas y dice: «Fray Juan soy, que me he salido esta noche de la cárcel; dígaselo a la madre priora».

Permanece por un tiempo recuperándose en el Hospital y de allí parte hacia Almodóvar del Campo.

Hoy, de todo lo que hemos contado, se conserva como testigo solo un muro en el lugar donde estaba la cárcel de que escapó, con una conmemoración que cita la primera estrofa de la Noche.