Entre el 2 y el 30 de enero de 1582 toma posesión de su priorato en el Convento de los Mártires de Granada. El nombre lo toma porque la zona era llamada de «Los Santos  Mártires» o también Corral de los cautivos. Isabel la Católica había mandado construir una ermita en este lugar, usado en el tiempo de los moros para el cautiverio y martirio de los cristianos.

Estamos dentro del hoy jardín o paseo de Carmen de los Mártires, a pocos metros de la Alhambra, de donde consiguió Juan de la Cruz le pasen agua, convirtiendo el paraje desértico en esto que hoy vemos. Testifican la obra de sus manos e ingenio los restos de este acueducto. También se retiene que este cedro fue plantado por el santo.

Lo que es Toledo al poeta, es Granada al escritor. Podemos decir que esta ciudad, donde fue por 6 años prior, es el escritorio de Fray Juan, quien entre mil empeños apostólicos, se hace tiempo y escribe sus grandes obras en prosa: Subida, Noche, Cántico y Llama. 

Desde aquí hará sus viajes de fundación hacia Sevilla, Málaga, Granda, Córdoba.

Bajando del Convento de los Mártires se pasa por la puerta de la justicia, paso obligado del santo en su camino a la ciudad.

La calle de Los Gomérez es testigo del episodio en que una mujer le dice a fray Juan que el niño que tiene en sus brazos es suyo.

En la ciudad podemos visitar esta iglesia del convento de las descalzas, aquí en la clausura tienen un bastón usado por el santo, y una habitación donde celebró varias veces la Santa Misa.