En febrero del 85, 3 años después de la muerte de la Madre Teresa, viaja a Málaga para afianzar la fundación de las descalzas, que tiene lugar el día 17. Lo que hoy vemos no corresponde con el monasterio fundado por el santo, pues con la desamortización de Mendizábal el convento fue quemado.

Entre abril y mayo tiene que viajar hasta Lisboa donde se celebra el Capítulo provincial. En él es elegido segundo definidor. Se interrumpe el Capítulo y  fray Juan emprende el camino de retorno a Granada.

En octubre del 85 es nombrado Vicario provincial de Andalucía, cesando en el priorato de Los Mártires, aunque sigue residiendo allí.

En mayo del año siguiente viaja a Córdoba para la fundación del convento de los descalzos.  Podemos visitar su celda, allí sucede que trabajando en remodelar el edificio para el Convento le cae un muro encima y la Virgen milagrosamente lo salva. Hoy es una residencia de ancianos. Se conserva todavía la iglesia del convento, con estas dos imágenes del Cristo del Perdón y de la Virgen, que cuando sale en paso en Semana Santa lleva en su mano una reliquia del santo.

Esta es la fachada. Por esta calle del Buen Pastor, como cuenta el mismo Santo, vinieron en procesión con el Santísimo Sacramento el día de la fundación.

5 meses más tarde funda en la Mancha real por orden del definitorio.

En noviembre pasa por Guadalcázar y firma las escrituras de la fundación, cae enfermo y quizás escribe un libro perdido hoy sobre los milagros de las imágenes del lugar.

En el 88 viaja a Sevilla para trasladar el Convento de descalzas fundado por santa Teresa. Se puede ver esta cruz puesta por el santo y venerar una reliquia de su costilla.