Sale de Segovia y pasa por Madrid el 6 de julio dirigiéndose a la Peñuela para preparar su viaje a México. El 10 de agosto llega a este Convento. Una de las primeras cosas que hace es escribir al padre Antonio de Jesús, provincial de Andalucía: «Padre, le dice, yo he venido a ser súbdito de Vuestra Reverencia, vea lo que quiere que haga y donde tengo que ir». El provincial le responde que mire y escoja la casa de la provincia que mas gusto le dé y que se vaya allá. Y Fray Juan de nuevo le escribe: «Padre: yo no vengo ha hacer mi voluntad ni a elegir casa. V. R. vea a donde quiere que vaya y allí iré».

Esta es la ermita de la Peñuela, a dónde se retira y donde, como él cuenta, está muy contento pues tiene tiempo para trabajar en la huerta, rezar… aquí retoca su escrito de la Llama.

Un día Fray Cristóbal se descuida y se le va de control un fuego que amenaza el convento; fray Juan con sus oraciones detiene el fuego y cuando abren la iglesia para que salga el humo que había entrado sale una liebre que va a parar a los pies del santo, como se ve representado en este monumento.

En septiembre, a causa de unas calenturillas pertinaces, tiene que buscar cura. Quienes enfermaban gravemente en la Peñuela eran llevaban a curar al hospital de Baeza. Pero él rehusó ir allí por ser el rector su amigo y muy conocido en ese lugar. Entonces parte el 28 de setiembre, enfermo, hacia Úbeda.

Desde la Peñuela, camino a Úbeda, nos encontramos con el rio Guadalimar, por donde pasa el santo con su pie derecho enfermo. El puente de Ariza es llamado hoy, también, «de los espárragos», pues el santo al pasar dijo que quería comer unos espárragos si los hubiere y, siendo septiembre, tiempo poco propicio, encuentra su acompañante un manojo de espárragos cosechados. Por discreción del santo, su acompañante deja sobre una roca unas monedas en forma de pago y se los lleva para que se los cocinen al llegar al monasterio de Úbeda.