Después de su año de noviciado en los carmelitas de Santa Ana de Medina del Campo es enviado a estudiar Artes y Teología a Salamanca. Cuenta un testigo que «aunque con su aventajado ingenio cuidaba de sus estudios, en ninguna manera aflojaba en la observancia de su profesión, ni en las cosa que él tenía de supererogación, cuales eran largas horas de oración mental, grandes penitencias, retirarse a tratar solo con Dios…».

En esta universidad tiene contacto directo con fray Luis de León, 15 años mayor que él.

En el mes de abril de 1567 es nombrado perfecto de los estudiantes del colegio carmelita de San Andrés. Lo que hoy vemos es una construcción reciente pero el sitio es él mismo.

Aquí es ordenado sacerdote en el verano de 1567, en la hoy llamada «Vieja Catedral». Pasando las escaleras y la puerta se llega a la Nueva, que estaba siendo construida por esos años.

Hoy se puede ver también el puente romano que atravesó Juan de Santo Matia, camino de Medina del Campo, para cantar su primera Misa.